La gestion comptable et financière de l'établissement public de santé dénommé « centre hospitalier Jura Sud », issu de la fusion des centres hospitaliers de Champagnole, de Lons-le-Saunier et du centre hospitalier intercommunal d'Arinthod-Orgelet-Saint-Julien, est confiée au comptable de la trésorerie de Lons Municipale et Amendes (Jura).