Par arrêté de la ministre de la santé, de la jeunesse, des sports et de la vie associative et du ministre du budget, des comptes publics et de la fonction publique en date du 3 juin 2008, le compte financier 2007 de l'agence régionale de l'hospitalisation de Franche-Comté est approuvé et le montant des enveloppes est arrêté pour le personnel à 819 833,29 €, pour le fonctionnement à 304 415,59 € (montant auquel s'ajoutent 38 481,65 € au titre des dotations aux amortissements et provisions et 15 029,61 € au titre des valeurs comptables des éléments d'actifs cédés) et pour l'investissement à 63 345,06 €.