L'Institut organise des formations continues sur les questions européennes notamment pour préparer aux carrières européennes et sur tous sujets de politiques et de gouvernance européennes.
Ces différentes formations donnent lieu à la délivrance de certificat ou d'attestation aux auditeurs qui les ont suivies.

L'Institut, à la demande d'écoles de service public, définit et met en œuvre des modules de formation dans les domaines européens relevant de ses compétences, s'inscrivant dans les cursus de formation initiale et continue de ces écoles.

L'Institut complète son offre de formations par la participation à des activités d'expertise, de publication et à des manifestations sur des sujets européens.

L'Institut organise un cycle annuel dénommé « le cycle des hautes études européennes » (CHEE) qui s'adresse aux décideurs des secteurs publics et privés, aux cadres des organisations non gouvernementales et aux élus, français ou ressortissants des Etats membres de l'Union européenne ou de pays tiers.
L'objectif de cette formation est d'approfondir leurs connaissances des enjeux et des processus de décision, ainsi que de maîtriser les politiques de l'Union européenne.
Chaque promotion est parrainée par une personnalité européenne choisie par le directeur de l'Institut.
Le CHEE comporte un comité scientifique dont les membres sont nommés par le directeur de l'Institut. Ce dernier nomme également un ou des coordonnateurs pédagogiques pour une période déterminée.
L'Institut fixe les règles et modalités de fonctionnement de cette formation dans le règlement intérieur du CHEE.
Les auditeurs du cycle sont nommés par le directeur de l'Institut après avis du comité de sélection.

Des préparations aux procédures de recrutement des institutions européennes sont mises en place par l'Institut, en présentiel ou à distance, à l'intention des ressortissants de l'ensemble des pays de l'Union et des pays candidats à l'adhésion.