L'enquêteur en chef, pour chaque enquête, peut lui-même conduire l'enquête, le cas échéant avec d'autres enquêteurs, ou désigner un ou plusieurs enquêteurs. Les enquêteurs désignés peuvent être, le cas échéant, des experts comptables et des commissaires aux comptes choisis en raison de leurs compétences et proposés à l'agrément du procureur général, en veillant au respect des règles d'incompatibilité et des risques de conflits d'intérêt.
En application de l'article 96 III du décret du 17 juin 2022 précité, jusqu'au 31 décembre 2025, lorsque le commissaire de justice visé par l'enquête est un ancien huissier de justice, il est nécessaire qu'au moins un des enquêteurs soit un ancien huissier de justice et réciproquement pour les anciens commissaires-priseurs judiciaires.
L'enquêteur en chef fixe la nature et l'étendue des missions de chaque enquêteur dans le cadre de l'enquête dont l'étendue et la nature ont été fixées par l'autorité saisissante. Il s'assure de la bonne exécution des missions confiées et de la restitution des rapports dans le délai qu'il aura lui-même fixé.