Sous l'autorité du président, le secrétaire général est chargé de l'organisation administrative et du fonctionnement du Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur.
Il est nommé pour une durée de quatre ans renouvelable.
Le secrétaire général peut, dans la limite de ses attributions, déléguer sa signature et désigner les agents habilités à le représenter.
En cas d'empêchement du président ou de vacance de son emploi, le secrétaire général assure l'intérim des fonctions mentionnées à l'article R. 114-10.

Le Haut Conseil comprend des départements chargés, sous la responsabilité du président, de mettre en œuvre les missions énoncées à l'article L. 114-3-1.
Un département, dénommé « Office Français de l'Intégrité Scientifique (OFIS) », met en œuvre les missions mentionnées aux quatrième et dix-septième alinéas du même article. Il est doté d'un conseil d'orientation.
La liste des autres départements, qui peuvent être dotés d'un conseil d'orientation, est fixée par le règlement intérieur.
Le responsable de chaque département est nommé pour une durée de quatre ans, renouvelable une fois.

Le personnel du Haut Conseil est constitué de fonctionnaires en position d'activité, détachés ou mis à disposition, dans les conditions prévues par leur statut, et d'agents non titulaires de droit public recrutés par contrat à durée déterminée ou indéterminée, employés à temps complet ou incomplet.
Les agents contractuels de droit public recrutés par le Haut Conseil sont soumis aux dispositions du décret n° 86-83 du 17 janvier 1986 relatif aux dispositions générales applicables aux agents contractuels de l'Etat.
Le président peut demander aux ministres intéressés le concours des services de l'Etat nécessaire à l'accomplissement des missions du Haut Conseil.