L'Institution est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre de tutelle.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

Les décisions modificatives du budget ne comportant ni variations du montant du budget ni virements de crédits entre la section de fonctionnement et la section des opérations en capital ou entre les chapitres de personnel et les chapitres de matériel peuvent être prises par le directeur. Elles sont exécutoires après accord du contrôleur budgétaire. Elles sont portées à la connaissance du conseil d'administration lors de sa plus prochaine séance.

L'Institution nationale des invalides est autorisée à transiger.

Les dépenses se rapportant aux soins dispensés aux pensionnaires au titre de l'article L. 212-1 sont remboursées à l'Institution nationale des invalides au titre du régime des soins médicaux prévu au livre II du présent code.
Ce remboursement est effectué sous la forme d'un versement forfaitaire, dit forfait soins, dont le taux journalier est fixé par le conseil d'administration.