La convention de création prévoit les conditions dans lesquelles est établi le budget du centre ou de la section d'apprentissage.

Le budget d'un centre de formation d'apprentis est distinct de celui de l'organisme gestionnaire.

Le budget d'une section d'apprentissage est identifié au sein du budget de l'établissement.

Le budget des organismes et établissements soumis aux règles de la comptabilité publique ou à la tutelle de l'Etat est constitué par une section particulière du budget général de l'organisme ou de l'établissement dans lequel est créée la section d'apprentissage.
Cette disposition s'applique également aux établissements d'enseignement privés sous contrat.

La comptabilité d'un centre de formation d'apprentis ou d'une section d'apprentissage est distincte de celle de l'organisme gestionnaire.

Pour les centres de formation d'apprentis dont la comptabilité n'est pas tenue par un comptable public, les comptes sont certifiés par un commissaire aux comptes.

L'excédent de ressources, prévu au second alinéa de l'article L. 6233-1, est reversé :
1° Au profit du fonds régional de l'apprentissage et de la formation professionnelle continue, lorsque la convention de création d'un centre ou d'une section d'apprentissage a été conclue avec le conseil régional ;
2° Au profit du Fonds national de développement et de modernisation de l'apprentissage, lorsque la convention a été conclue avec l'Etat. Ce reversement est ensuite attribué à un fonds régional qui l'utilisera dans les conditions prévues à l'article L. 6241-10.