La directrice générale de l'Agence de la biomédecine,
Vu le code de la santé publique, et notamment les articles L. 2151-5 et R. 2151-1 à R. 2151-12 ;
Vu la décision du 8 septembre 2015 modifiant la décision 2013-11 du 17 septembre 2013 fixant le modèle de dossier de demande des autorisations mentionnées à l'article R. 2151-6 du code de la santé publique ;
Vu la décision de la directrice générale de l'Agence de la biomédecine du 11 juillet 2013 autorisant le Centre hospitalier universitaire de Nantes (structure fédérative François Bonamy, plateforme iPS) à mettre en œuvre un protocole de recherche sur les cellules souches embryonnaires humaines ;
Vu la demande présentée le 30 juin 2017 par l'Institut national de la santé et de la recherche médicale (structure fédérative François Baonamy, CHU Nantes, UMR 1064) aux fins d'obtenir le renouvellement de son autorisation de protocole de recherche sur les cellules souches embryonnaires humaines ;
Vu l'avis émis par le conseil d'orientation de l'Agence de la biomédecine le 7 décembre 2017 ;
Vu les informations complémentaires apportées par le demandeur ;
Vu le rapport de la mission d'inspection de l'Agence de la biomédecine en date du 18 septembre 2017 ;
Vu les rapports d'expertise en date du 20 novembre 2017 ;
Considérant qu'une première autorisation a été accordée à cette équipe en 2013 pour une durée de quatre ans. La demande s'inscrit dans la continuité du protocole précédent ;
Considérant que le projet de recherche utilise les lignées H1 et H9 (WA-01 et WA-09) provenant du WiCell Research Institute (Etats-Unis) ; que déjà présentes sur le territoire national, elles ont été importées par Laurent David en vertu d'une autorisation délivrée le 11 juillet 2013 par décision de la directrice générale de l'Agence de la biomédecine après avis favorable de son conseil d'orientation ; qu'à l'occasion de la demande d'autorisation d'importation déposée par Laurent David, le respect des exigences posées par les articles 16 à 16-8 du code civil et de celles relatives à l'information et au recueil du consentement des couples a été vérifié et la demande de renouvellement d'autorisation de recherche présente de nouveau l'ensemble des documents permettant de s'assurer du respect des conditions législatives et réglementaires et que le conseil d'orientation de l'Agence de la biomédecine souligne dans son avis que l'ensemble de ces documents sont de nouveau fournis en annexe ;
Considérant que les titres, diplômes, expérience et travaux scientifiques fournis à l'appui de la demande permettent de s'assurer des compétences du responsable de la recherche et des membres de l'équipe en la matière ; que l'équipe est compétente et possède toute la légitimité nécessaire pour mener ce protocole ; que Laurent David, MCU-PH, a reçu une excellente formation au Canada pendant 5 ans, en développant un projet sur la compréhension moléculaire des étapes de la reprogrammation ; que si l'équipe de recherche est petite, elle bénéficie de nombreuses collaborations locales (notamment avec le centre d'assistance médicale à la procréation du centre hospitalier universitaire de Nantes), et internationales (notamment pour le séquençage de cellules uniques avec le Broad Institute) ; que la structure est pérenne et le financement est assuré, notamment par deux financements importants, l'un de la région Pays-de-Loire, l'autre de la Société FINOX Biotech ;
Considérant que Laurent David a développé à Nantes une plate-forme de dérivation de cellules souches pluripotentes induites (cellules dites iPS), mutualisée pour l'ensemble des équipes travaillant sur le site, qui a un fort investissement en termes de thérapie cellulaire ; que cette plate-forme bénéficie d'un financement important et pérenne, et de moyens humains conséquents (3 ingénieurs) garantissant la réalisation des projets dans de bonnes conditions ; que la responsabilité de Laurent David est donc de dériver des cellules iPS de qualité pour les équipes intéressées, et, dans ce cadre, de développer une recherche technologique sur le processus de reprogrammation afin d'améliorer les protocoles et d'obtenir des iPS de meilleure « qualité », c'est-à-dire dont la pluripotence est complète et avérée, et avec des rendements plus importants ;
Considérant que le conseil d'orientation de l'Agence de la biomédecine souligne dans son avis que le développement de programmes de recherche sur les iPS ne peut se concevoir en dehors de plateformes mutualisées compte tenu de l'expertise très particulière que requiert la reprogrammation et des contraintes de la manipulation des cellules souches pluripotentes, qu'il s'agisse de cellules souches embryonnaires humaines (CSEh) ou d'iPS : que toutes deux partagent les mêmes difficultés de culture et nécessitent une standardisation et un contrôle qualité contraignant et répété ;
Considérant que le projet de recherche initial de l'équipe de Laurent David concerne deux parties très distinctes ; que la justification de l'utilisation des CSEh dans les deux cas est avant tout d'offrir une population de référence pour la qualification de l'état de pluripotence, soit d'iPS humaines dans la plateforme, soit lors de l'analyse de la diversité interespèces des déterminants de la pluripotence dans un projet plus fondamental ; que le premier protocole est réalisé dans le cadre de la plateforme de dérivation d'IPS, le second représente le protocole de recherche de Laurent David ;
Considérant que dans la première partie du protocole faisant l'objet d'une demande de renouvellement d'autorisation, les cellules souches embryonnaires humaines (lignées H1 et H9) sont utilisées comme référence dans le cadre du programme de dérivation de cellules iPS ; que la plate-forme a une évidente finalité médicale, ce d'autant que le site de Nantes est réputé pour son investissement en termes de médecine régénérative ; que la plate-forme a pour objectif de dériver « à façon » des iPS pour les chercheurs des équipes concernées et de les aider dans la réalisation des protocoles de différenciation aboutissant aux précurseurs différenciés d'intérêt ; qu'elle a également pour mission de proposer des perfectionnements technologiques, s'avérant particulièrement important dans le domaine des techniques de reprogrammation pour obtenir des iPS ‘normales'sur le plan génétique et exprimant les attributs chromatiniens et transcriptomiques complets d'un programme pluripotent ; que dans ce cadre, les améliorations technologiques de l'équipe de Laurent David pour la plate-forme vise d'une part à identifier des marqueurs précoces permettant de prédire avec fiabilité qu'une cellule somatique en cours de reprogrammation en iPS deviendra (ou non) une cellule complètement reprogrammée, et donc utilisable pour les projets de recherche de la plate-forme, et d'autre part, à améliorer la fréquence de reprogrammation des cellules cibles, actuellement très faible ;
Considérant que dans la seconde partie, plus fondamentale, Laurent David a pour objectif de comparer la régulation de la pluripotence chez plusieurs espèces, notamment chez le rat et la souris ; que l'équipe souhaite évaluer si les déterminants clés de la pluripotence sont les mêmes que chez l'homme ; que la pluripotence s'exprime en effet différemment dans chaque espèce, puisque il est acquis que, par exemple, les CSE de souris, homme, singe ou lapin ne sont pas similaires et n'obéissent pas aux mêmes déterminants moléculaires ;
Considérant que les travaux conduits dans le cadre de la première autorisation ont pour objectif de disposer d'un contrôle expérimental de pluripotence validé, qui puisse être utilisé par de nombreux autres laboratoires ; que pour cela, l'utilisation des lignées H1 et H9, qui font partie des premières lignées dérivées dans le monde et les plus utilisées, apparaît particulièrement pertinente ; que ces deux lignées ont été analysées par RNA-Seq (sur cellule unique) afin d'obtenir une comparaison rigoureuse avec les iPS dites « naïves » ou « amorcées » et d'approfondir les données de référence que constituent ces lignées ; qu'en parallèle, différentes conditions de culture ont été testées, pour identifier celles qui sont appropriées à la différenciation dans certains lignages, notamment mésendoderme ou hématopoïétique et qu'un article a été soumis pour publication dans ce cadre ;
Considérant que la deuxième partie du protocole initial, concernant la comparaison inter-espèces, s'est initialement focalisée sur une voie de signalisation (TGF-b) ; que l'équipe a été amenée à abandonner cette partie au bénéfice d'un projet plus ambitieux, explorant différentes voies de signalisation au sein d'embryons, de cellules souches embryonnaires issues de ces embryons et d'iPS ; que ce projet a bénéficié le 2 novembre 2015 d'une autorisation de recherche délivrée par la directrice générale de l'Agence de la biomédecine après avis de son conseil d'orientation ;
Considérant que la demande de renouvellement s'oriente davantage vers la différenciation dans les lignages d'intérêt médical et la comparaison entre CSEh et iPS ; que l'étude de la pluripotence naïve reste cependant abordée dans la dernière partie du projet concernant l'inactivation du chromosome X ;
Considérant que les principaux objectifs de l'équipe de Laurent David concernent la comparaison de la différenciation de CSEh et d'iPS en cellules de la lignée lymphocytaire et en cellules souches neurales, la mise en place de l'édition de génome dans les CSEh et les iPS (l'équipe souhaite créer une lignée « reportrice » à partir de la lignée H9 exprimant une protéine fluorescente qui servira de référence afin de mettre au point les conditions pour réaliser une modification efficace du génome à l'aide de la technique CRISPR / Cas9 et de définir les conditions permettant l'inactivation d'un gène ou sa modification), et l'étude de la stabilité du chromosome X et de l'épigénome dans les CSEh au regard des cellules iPS (cette partie du protocole sera menée en collaboration avec l'équipe de Claire Rougeulle, qui est un centre de référence en France sur cette question et qui bénéficie d'une autorisation de recherche sur les CSEh pour étudier ce phénomène) ;
Considérant que le résultat escompté ne peut être obtenu par d'autres moyens, notamment par le recours exclusif à d'autres types de cellules souches ; que les recherches sur la compétence fonctionnelle des cellules souches pluripotentes induites, ainsi que leur stabilité génétique et épigénétique, sont indispensables dans l'optique d'une utilisation de ces cellules en thérapie cellulaire ; que les lignées de cellules souches embryonnaires H1 et H9 sont utilisées dans le projet de l'équipe de Laurent David comme référence et contrôle indispensable de l'état de pluripotence, afin de valider les cellules iPS qui seront produites ; que ce sont en effet les seules cellules à être naturellement pluripotentes et à présenter toutes les caractéristiques moléculaires spécifiques à cet état ;
Considérant que le demandeur apporte les éléments suffisants concernant la pertinence scientifique du projet de recherche d'une part, et ses conditions de mise en œuvre au regard des principes éthiques d'autre part ; qu'il justifie en particulier que le projet sera mené dans le respect des principes éthiques relatifs à la recherche sur l'embryon et les cellules souches embryonnaires humaines et que ces cellules ont été obtenues conformément aux conditions législatives et réglementaires ;
Considérant que les locaux, matériels, équipements, procédés et techniques sont adaptés à l'activité de recherche envisagée ; que cette recherche sera effectuée dans des conditions permettant de garantir la sécurité des personnes exerçant une activité professionnelle sur le site, le respect des dispositions applicables en matière de protection de l'environnement, le respect des règles de sécurité sanitaire ainsi que la sécurité, la qualité et la traçabilité des cellules embryonnaires ; que les conditions matérielles de sécurité, de conservation, d'accès, de transferts, de locaux dédiés, de sécurisation desdits locaux, de désinfection, la qualité de l'ensemble des plateaux techniques sont parfaitement décrits et n'ont fait l'objet d'aucune réserve de la part de la mission d'inspection de l'Agence de la biomédecine qui souligne dans son rapport que la structure, récente, présente d'excellentes conditions de conservation et de traçabilité ; que le laboratoire dispose des équipements nécessaires à la mise en œuvre de ce protocole de recherche dans des conditions optimales,
Décide :
